O projeto pedagógico utilizado pela Faculdade Teológica FATEFAMA entende que a prática educacional contribui para a transformação das relações sociais e políticas, devendo estar comprometida com a formação de indivíduos capazes de atuar como profissionais competentes e cidadões consciente. Assim, esse modelo tem como objetivo garantir ao aluno uma formação sólida e prepará-lo para o pleno exercício da Teologia Bíblica. A Faculdade de Teologia FATEFAMA tem como missão, em comunhão com Igrejas Evangélicas, e por meio de seus programas de formação não graduada, graduação, pós-graduação e pesquisa, preparar vidas para o serviço do Reino de Deus, Faculdade Teológica